Wöckinger startete mit 1. Jänner 2001 als Berater für Rinderhaltung in der LK OÖ. Seit Oktober 2003 ist er Referent für Milchwirtschaft und Geschäftsführer des OÖ Milchprüfrings. Seit Mai 2007 übt er zusätzlich die Leitung der Beratungsstelle für Rinderhaltung aus. Die Anforderungen an die Tierhaltung sind laufend Veränderungen unterworfen. Das Image und die Wahrnehmung der tierischen Produktion muss in einer konstruktiven Diskussion verbessert und richtig dargestellt werden. Für die bäuerlichen Erzeugerbetriebe ist es entscheidend, aus ihrer Tätigkeit Einkommen zu erwirtschaften. Die Abteilung Tierhaltung mit den Referaten sowie der Beratungsstelle Schweinehaltung und Beratungsstelle Rinderhaltung bietet eine Reihe von Bildungs- und Beratungsangeboten. In den interessenspolitischen Themen ist eine intensive Abstimmung mit der Praxis sowie den Erzeugerorganisationen und Verbänden besonders wichtig.